遵义医药高等专科学校药学系成立于2007年，坚持以“敬业、立德、创新、树人”的育人理念，明确“抓质量、强科研、精管理、育新人、惠民生”的发展思路，倡导“以学生为中心、以教师为根本、以服务为宗旨、以就业为导向、以能力为本位”的理想追求。形成了“立德树人、博能强技”的系训，“团结奋进、求实创新”的系风，“博学严谨、重德善诱”的教风，“勤学善思、精业求精”学风，举办了中药学、药学、药品经营与管理等三个专业。

药学系下设教学科研办公室和学生工作办公室（团总支）等2个行政科室及中药生药学、药理、天然药物化学、药物制剂学、药品经营与管理等五个教研室。现有专兼职教职工42人，其中，教授4人、副教授15人、讲师15人、助教3人、教辅人员5人。教师队伍具有研究生以上学历人员32人，其中博士研究生4人、在读博士3人，硕士研究生25人。访问学者3人，贵州省千层次创新人才2人，双师型教师16人，遵义市管专家2名，现有在校学生2000余人，每年应届毕业生就业率高达98%以上。

药学系教师在省级教学能力比赛中获得二等奖，在省级青年教师教学竞赛中获二等奖；学生在传统中药技能大赛中获二等奖、三等奖，现有省级在精品课程两门，在国内外重要学术刊物上发表论文200余篇，主编教材20余部，承担教学科研项目40余项，科研经费200余万元。校内实验实训基地总面积为6120平方米，仪器设备总价值1500万元。基地目前主要有GMP中试中心、种子种苗繁育室、中药炮制室、刘英波大师工作室、数码显微互动室、药品分析质量检测室、中药鉴定室、天然药物化学室、药理室、中药标本馆等。

药学系师生将学习兄弟院系之所长，集专业发展前沿之精粹，大胆改革，将国内外最前沿的药学理论及技术融入药学教学中，不断提高药学教学水平，努力打造品牌和特色专业，为国家培养合格人才。