遵义医药高等专科学校药学系成立于2007年，坚持以“敬业、立德、创新、树人”的育人理念，明确“抓质量、强科研、精管理、育新人、惠民生”的发展思路，倡导“以学生为中心、以教师为根本、以服务为宗旨、以就业为导向、以能力为本位”的理想追求，形成了“立德树人、博能强技”的系训，“团结奋进、求实创新”的系风，“博学严谨、重德善诱”的教风，“勤学善思、精业求精”学风。开设了中药学、药学、药品经营与管理等三个专业，现有在校学生1800余人，每年就业率达到95%以上。与遵义医科大学联合开办药物制剂本科班，中药学专业专科教育拟升为本科教育。

药学系有2个行政科室、5个教研室、1个党支部。现有教职工45人，其中，教授3人、副教授16人、讲师18人，助教8人。具有研究生学历37人（博士4人、在读博士2人、硕士31人）。获得“贵州千层次人才”荣誉称号6人，获得“遵义市管专家”称号1名。获得贵州省第二届“最美劳动者”荣誉称号1人。药学系党支部获得了“全省党支部标准化规范化建设示范点”荣誉称号。

药学系校内实验实训基地总面积为6120平方米，仪器设备总价值1500万元。基地目前主要有GMP中试中心、种子种苗繁育室、中药炮制室、刘英波大师工作室、数码显微互动室、药品分析质量检测室、中药鉴定室、天然药物化学室、药理室、中药标本馆等基地。现有遵义市科普教育基地1个，遵义市中药炮制工实训基地1个，贵州省理想信念教育基地1个，贵州省中药炮制技术传承基地建设单位。

近三年，药学系教师潜心教学科研，获得省教育厅质量提升工程项目（含兴黔富民、技能贵州项目）9项，各级教育教学项目20余项，编写教材40余部。在国内外重要学术刊物上发表论文100余篇（其中SCI论文7篇），承担地厅级科研项目30余项，横向科研项目2项，获得科研经费200余万元，获得国家发明专利授权9项，国家软件著作权5项。药学系学生全面发展，在贵州省各类技能大赛中获得一等奖6项，二等奖17项，三等奖18项。在贵州省创新创业各类赛项中获得金奖3项，银奖7项，铜奖9项。