遵义医药高等专科学校药学系成立于2007年，坚持“敬业、立德、创新、树人”的育人理念，明确“抓质量、强科研、精管理、育新人、惠民生”的发展思路，倡导“以学生为中心、以教师为根本、以服务为宗旨、以就业为导向、以能力为本位”的理想追求，形成了“立德树人、博能强技”的系训，“团结奋进、求实创新”的系风，“博学严谨、重德善诱”的教风，“勤学善思、精业求精”学风。开设了中药学、药学和药品经营与管理三个专业，现有在校专科学生1831人，毕业生年底就业率达到95%以上。2023年开始与遵义医科大学联合开办药物制剂本科专业，现有在校学生249人。2017年，中药学专业入选省级骨干专业，2021年，两度入选省级特色骨干专业，形成“双骨干”引领体系；药学专业于2024年成功获批药学重点（特色）专业，与中药学构成“双核驱动”发展新格局。

药学系校内实验实训基地总面积为6120平方米，仪器设备总价值1600万元。基地目前主要有GMP中试中心、种子种苗繁育室、中药炮制室、刘英波大师工作室、数码显微互动室、药品分析质量检测室、中药鉴定室、天然药物化学室、药理室、中药标本馆等基地。现有遵义市科普教育基地1个，遵义市中药炮制工实训基地1个，贵州省理想信念教育基地1个，市级科技创新人才团队有6个，遵义市大宗药材种植加工及产品开发技术创新中心1个，贵州省中药炮制技术传承基地1个，贵州省野生药用植物资源持续利用协同创新中心1个，黔北中药材栽培及运用实训基地1个，黔药资源信息库1个。

近五年，药学系科研产出稳步增长，学术影响力持续增强。累计主编、副主编教材18部，编撰教材总量达32部，有力支撑了医药职业教育发展；在科研论文及专利方面，共发表省级及以上核心期刊论文110余篇，其中包括其中SCI 11篇，北图中文核心20篇，申报国家发明专利18项，实用新型专利4项；在科研项目方面，申报立项省市级科研项目共计37项，到账科研经费250余万元，基本实现了科研成果在数量与质量上的同步提升。学生在各级别竞赛中屡获佳绩，其中获贵州省职业院校技能大赛奖项26项（其中一等奖2项并获得国赛资格，二等奖12项），同时承办遵义市职业院校技能大赛中药传统技能、医药生产与经营赛道共3届，共获得奖项18项（其中一等奖3项，二等奖5项），在“互联网+”、创新创业和“挑战杯”大赛共累计获得奖项40项（其中一等奖2项，二等奖8项），充分彰显了“以赛促学、以赛促教”的显著成效。