遵义医药高等专科学校药学系成立于2007年，坚持以“敬业、立德、创新、树人”的育人理念，明确“抓质量、强科研、精管理、育新人、惠民生”的发展思路，倡导“以学生为中心、以教师为根本、以服务为宗旨、以就业为导向、以能力为本位”的理想追求，形成了“立德树人、博能强技”的系训，“团结奋进、求实创新”的系风，“博学严谨、重德善诱”的教风，“勤学善思、精业求精”学风。开设了中药学、药学、药品经营与管理等三个专业，现有在校学生1836人，每年就业率达到95%以上。2023年以来，与遵义医科大学联合开办药物制剂专业本科教学，现有在校本科班学生248人。

药学系现有2个行政科室、5个教研室、1个党支部。现有专任教师57人，具有中医药背景老师占比71%，有专业带头人3名，博士8名、硕士37名；教授12名、副教授31名；中药学省级优秀教学团队1个、省政府特殊津贴专家1人、贵州省“千”层次创新型人才10名、市管专家1名、遵义市“15851人才工程”第二层次人才1名、硕士生导师2名。获得贵州省第二届“最美劳动者”荣誉称号1人。

药学系校内实验实训基地总面积为6120平方米，基地目前主要有贵州野生药用植物资源持续利用协同创新中心、GMP实训中心、百草园科普示范教育基地、中药标本馆、中药材种植园等校内实训基地。现有遵义市科普教育基地1个，贵州省理想信念教育基地1个，贵州省中药炮制技术传承基地建设单位。

深度开展校企合作，与贵州百灵制药有限公司、苏州盛达药业股份有限公司等7家企业合作开展订单班。同时，与中国中药控股有限公司、珠海联邦制药股份有限公司、九州通医药集团有限公司等36家企业签订了校企合作协议。

近五年，药学系教师潜心教学科研，组建了5支市级科技创新人才团队，主持省部级课题12项，地厅级科研项目30余项，获得项目经费300余万元；发表论文100篇，其中SCI 8篇，北图中文核心19篇；编写教材共30余部，其中主编6部，副主编14部；申报自主知识产权25项，其中授权15项；制定省级地方标准6项；完成全国第四次红花岗区、汇川区中药资源普查工作；获得贵州省职业院校教学能力大赛二等奖2项、贵州省职业院校技能大赛奖项20余项，其中一等奖2项、二等奖10项；获得贵州省创新创业各类比赛金奖3项，银奖17项，铜奖9项，优秀奖2项。